党的十一届三中全会，总结了历史的经验教训，提出了“认真解决党政企不分、以党代政、以政代企”的问题。但直到目前为止，地方在如何处理好坚持党的领导与党政分家的关系方面，还存在一些问题，在市县一级突出表现为书记与市县长的关系时常处于不恰当的状态。
一、书记与市县长是上下级关系
目前，我国市县委书记与市县长关系，不同于部队的团长与政委的关系，团长与政委是基本平等的：团长负责军事工作，政委负责政治工作，二者可相互监督，也均可直接提升为副师级领导。但市县委书记与市县长关系，是上下级的关系，是一个县“一把手”与“二把手”的关系。这在县委常委的分工上有明确体现，市县委书记主持全面工作，对一个县“三个文明”建设及其他各方面负责，而作为县委副书记的县长，只是负责政府工作。更重要的是市县委书记可以直接提拔为副厅级领导，但一般情况下市县长只能提升为市县委书记。所以，市县委书记与市县长虽然形式上同为正处级，政治、经济待遇一样，但组织上使用干部时，对书记实际上实实在在得高一大级。
二、书记插手政府事务
县委书记是市县长的上级，多数书记大权独揽，不仅对全县各个方面的重大决策和重大事务拥有最后的拍板权；而且往往直接插手具体的经济工作和市县政府的人事工作，对重大建设立项和上马、重大工程建设的发包、大额拨款、干部立功、晋级、提拔等，拥有直接的决定权或间接的实质的决定权。特别是县委常委现实中不合理的分工，又进一步巩固了书记作为一个县的“一把手”地位，建立起了书记插手政府事务的组织保证，进一步弱化了市县长的行政职权。县委有专职分管工业的副书记、分管农业的副书记，虽然目前大多数市县取消了这两个职位，但是，县委直接插手政府工作的现象依旧没有大的改变，往往有一名专职县委常委负责招商引资工作，有一名专职县委常委负责经济开发区工作，副书记和其他常委往往都分管一项或多项属于政府职能的工作，某地级市委还明确要求各区市县委副书记分管计划生育工作。
三、市县长对抗书记是鸡蛋碰石头
有个别县，市县委书记与市县长有矛盾，结果往往是两败俱伤，一般市县长败得更惨。敢于与书记叫板的县长一般具有某些优势，也许是能力强一点，也许是年轻仕途看好一点，也许是土生土长已形成一帮自己的实力。但是，如果市县委书记与市县长闹矛盾，双方各有对错，但均没明显占理、或明显理亏，那么上级往往会偏袒书记，市县长被调离，并一时得不到重用。因为书记之所以成为书记，被派往一个县主持全面工作，往往是赢得了地级市委主要领导信任和强力支持。。
举个真实的例子：某县县长小D是离休干部原县委书记的儿子，父亲在职时培养了大量干部，这些得到父亲培养的干部投桃报李，逐步把小D扶上了县长的宝座，小D县长也长期以来提拔了不少干部。因此，小D县长可以说是树大根深，关系错综复杂，在该县人脉极好。并且，小D年仅30多岁，有博士学位，对书记之位志在必得。新调来的书记老K53岁了，身体不太好，患有高血压、糖尿病等多种疾病，三天两头躺在医院，又不健谈。县长认为是书记抢了他的位子，成了他仕途的绊脚石、拦路虎，便凭借其实力处处与书记作梗，企图尽早挤走书记。书记想办什么事还得登门拜访可算得上自己晚辈的县长，求得县长点头后，才拿到县委常委会上讨论通过。特别是人事方面和重大决策基本是县长说了算。不少中层骨干很快发现真正的当家人是县长，而且书记与县长很不和，便纷纷投向县长阵营。有事同时向县长和书记汇报，甚至于只向县长汇报。还曾发生过几个中层骨干为帮助县长挤走书记，公开对抗书记、谩骂书记。后来，书记向支持他的市委主要领导反映了自己的困境，市委便把县长平调到市政府的一个小局任副职，显然不如原地不动，实质上是市委对县长的变相惩罚。
四、市县长迎合书记又会产生独断
在绝大多数的县里，书记与市县长关系是和谐的，市县长都认同书记的领导地位，会自觉服从书记，当好书记的“秘书长”。有的县长作报告或讲话还常常会出现“在县委领导下”“在以某某书记为班长的县委领导下”等语句。这样，有的书记因没有足够的力量制约就不自觉地成为了独断者，不能凝聚合力，不能发挥集体智慧，常常心血来潮，一时冲动拍板，决策失误，给党和人民的事业造成重大损失。
如：某新任年轻有为的市委书记，要抓出一个县成为全省乃至于全国新农村建设的示范县，且决心很大，还曾在全市新农村建设工作会议上放出风来：哪个县能成为全省或全国的新农村建设示范县，那个县的县委书记就成为了全省、全国县委书记的榜样，就会被提拔得很快。重赏之下必有勇夫。A县的县委书记积极响应，多次向市委书记汇报本县争当全省或全国新农村建设的设想：一是要走农业产业化的道路，引导农民发展主导产业，达到农民致富的目的。具体做法是发动农民种植100万亩果树，引进一个台湾老板建一个龙头企业，把水果加工成罐头，销往国外。二是建标准化新农村村庄，引导农民集中按统一标准建楼房，配套建沼气池，安装太阳能热水器。政府每户补贴1万元，并负责搞好公共设施建设，通路、通电、通自来水、通有线电视、通程控电话。全县首先重点发展一个乡，每个乡重点发展一个村，以点带面，最终全面发展。市委书记认为县委书记的想法很好，给予了大力鼓励和支持。
于是，县委书记大张旗鼓地行动，县委、政府、人大、政协四大家都思想统一，言行一致，齐心协力共抓新农村建设，制定了五年建成全省新农村建设示范县，十年建成全国新农村建设示范县的《A县新农村建设短期规划和中长期规划》。但是，部分普通干部和离退休干部对此有不同看法，有个老秘书议论说：“过去政府曾发动农民种芋麻，养猪、养鸭、养牛、养羊都失败了，农民损失惨重。现在又发动农民大种果树，这没有遵循市场经济规律，不会有好结果。”这话传到了县委书记的耳朵里，并传走了样。县委书记听后怒发冲冠，第二天就召开了县直机关转变干部作风大会，对那名有不同看法的老秘书给予了点名严厉批评，指责他与县委唱反调，政治上不合格，要求纪委给予严厉处分。后来，那名老秘书多方求情，检讨深刻，认识态度好，县委书记宽宏大量开了恩，才免于处分。
A县的新农村建设发展很快，一两年就栽上了20多万亩果树，台湾老板也来圈了地，挂了牌，举行了奠基仪式，新农村村庄建设也有了5处亮点。市委书记频频引领中央、省及全国各地的领导、专家及嘉宾来参观考察，给予了A县新农村建设很高评价。不久，县委书记就高升到地级市任市委常委某部部长，县长因紧跟书记的感觉走，受到书记的鼎力推荐而接任了书记，市委书记也荣升副省级领导了，真可谓全赢，大皆欢喜。
但是，由于金融危机的影响，台湾老板的投资并没有到位，农产品加工企业没有建成，圈的30亩地抛荒了。20万亩果树陆续开始挂果了，没有销路，不少农民便毁树还田。新农村建设村庄的沼气池由于农民养猪不赚钱没养猪了，缺猪粪作沼气原料，沼气池便成了摆设。人走政息，也很少有人再来A县考察参观了。
五、如何理顺书记与市县长的关系
1.切实实行好党政分家。党政分家是避免权力过分集中，预防腐败的有效途径。要明确书记与县长各自的职责，建立健全书记与县长各自的责任制，书记依照党的《章程》行使职权，县长依法行政。书记只负责县委的工作，不要过度插手政府事务，特别是不要通过干涉政府职权内的人事工作和经济工作来谋取私利，县委常委分工也不必与政府首长职责交叉。
2.县委主要是实行政治领导。县委要负责党的路线、方针和政策在本县的贯彻执行；要带领全县人民坚持党的基本路线，坚持“一个中心”“两个基本点”；要做好政治思想工作，搞好社会主义精神文明建设；要领导人民发展民主政治。书记要做全县政治发展方向的掌舵人。
3.县委要制定好政策。要根据上级党委的政策结合本地实际情况完善本县的政策，要按照科学发展观的要求，以人为本，统筹兼顾，实现全面协调可持续发展。要处理好各类关系，处理好公平与发展的关系、人与自然的关系。要着力解决民生问题，关爱弱势群体。市县委书记应该是一个县贯彻落实科学发展观的总设计师和总负责人。
4.县委要成为一个决策机构。县委班子要抓大放小，从琐碎事务中解脱出来，抓大事，谋大事。要学习，要调查研究，要多谋善断。要谋划好全县经济、政治、文化、社会“四位一体”的发展。全县的重大政策、“四位一体”的发展规划和实施方案及其他重大事务，都应该由县委决策。市县委书记应该是决策的组织者和总负责人。
5.县委要管党。县委要抓好全县党员队伍和干部队伍建设，要抓好这两支队伍的教育、培训、管理和使用。提拔干部要任人唯贤，凭实绩，凭群众公认。不要搞个人栽培、裙带关系。要不拘一格降人才，要破格使用奇才、怪才、天才，不要以文凭、年龄划线，精力充沛、能力过人就行。
6.县委要监督政府。党政分家后政府有很大权力，只有县委才能有效监督好政府。县委要监督政府依法行政、勤政廉洁。特别是实行行政首长负责制，县长有很大的决断权。县长虽然是人大选举出来的，人大、政协对政府有监督权，还有纪委、督察室、监察局、审计局、检察院以及媒体等具有监督和查处职能的组织和机构，但在现实中，真正能对县长起到监督和约束作用的只有市县委书记。所以，书记一定要监督好县长。县委书记应该是一个县的总监。
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